Está claro que existen algunos tratamientos efectivos para las mujeres con endometriosis pero todos tienen sus limitaciones. Para tratar el dolor pelviano, tanto los medicamentos como el tratamiento quirúrgico son efectivos (al menos durante cierto tiempo) y la eficacia de los diferentes medicamentos es casi la misma. Todavía no está muy bien determinado cual es el mejor método quirúrgico para tratar el dolor asociado a la endometriosis. El tratamiento combinado con medicamentos y cirugía tiene ventajas en el control del dolor pero el margen de ventaja no está bien definido.

Para el tratamiento de la infertilidad asociada con la endometriosis, el tratamiento medicamentoso es inefectivo, pero el tratamiento quirúrgico parece beneficioso para casi todas, si no todas, las diferentes formas de presentación de la enfermedad. No hay ningún estudio que haya comparado la eficacia de la reproducción asistida y del tratamiento quirúrgico en el tratamiento de las mujeres infértiles que padecen endometriosis; aunque hay datos que sugieren que la fertilización in vitro puede ser más efectiva que el tratamiento quirúrgico repetido.

Estas conclusiones parecen vagas por el momento pero dada la información que tenemos actualmente se pueden proponer tres tratamientos. Para las mujeres con dolor asociado a la endometriosis, un medicamento anti-inflamatorio no esteroidal o contraceptivos orales deben de ser el tratamiento inicial. Si esto falla lo indicado es iniciar tratamiento con un agonista GnRH, preferentemente combinado con estrógenos-progestágenos como terapia adjunta. Si, de todas maneras el médico piensa que se requiere una laparoscopia para confirmar el diagnóstico, entonces lo recomendable es la laparoscopia con la eliminación de las placas de endometriosis es recomendable -si el cirujano tiene la habilidad para hacerlo. Este procedimiento debe complementarse con tratamiento con un agonista GnRH y estrógeno-progestágeno.

La infertilidad asociada con la endometriosis se trata exclusivamente con la eliminación quirúrgica de la enfermedad y la restauración de las relaciones anatómicas en la pelvis. Este tratamiento se puede combinar con las técnicas asistidas de reproducción para aumentar la rapidez de la concepción y tal vez la probabilidad de una gestación exitosa.