El amplio uso de las fluoroquinolonas ha producido la aparición de resistencia, que se ha debido principalmente a la presencia de mutaciones cromosómicas en los genes que codifican a las subunidades de las enzimas que atacan los antibióticos, la girasa ADN y topoisomerasa IV, y en los genes que afectan la expresión de los canales de difusión en la membrana exterior y los sistemas de efluvio de resistencia múltiple a los fármacos. La resistencia se produjo primero en las especies en las que una sola mutación era suficiente para producir niveles clínicos importantes de resistencia (por ejemplo Staphylococcus aureus y pseudomonas aeruginosa). Subsecuentemente, también la resistencia se ha producido en bacterias como Campylobacter jejuni, Escherichia coli y Neisseria gonorrhoeae, en las que se requieren mutaciones múltiples para producir resistencia clínica importante. A esta situación también parecen haber contribuido factores epidemiológicos relacionados con el uso de antibióticos en los animales y la diseminación de humano a humano. La resistencia del Streptococcus pneumoniae, que es normalmente baja, deberá vigilarse más de cerca, a medida que las fluoroquinolonas se usen más frecuentemente para tratar las infecciones respiratorias.