El molnupiravir, un antiviral de uso frecuente para tratar el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave(SARS-CoV-2), actúa induciendo mutaciones en el genoma del virus durante su replicación. Es probable que la mayoría de las mutaciones aleatorias sean deletéreas para el virus y que muchas de ellas sean letales; por lo tanto, las elevadas tasas de mutación inducidas por el molnupiravir reducen la carga viral. Sin embargo, si algunos pacientes tratados con molnupiravir no eliminan completamente las infecciones por SARS-CoV-2, podría existir la posibilidad de transmisión ulterior de virus mutados por molnupiravir. Aquí mostramos que las bases de datos de secuenciación de SARS-CoV-2 incluyen mucha evidencia de mutagénesis por molnupiravir. Utilizando un acercamiento sistemático, encontramos que una clase específica de ramas filogenéticas largas, que se distinguen por tener una alta proporción de mutaciones de G a A y de C a T, se encuentran casi exclusivamente en secuencias de 2022, después de la introducción del tratamiento con molnupiravir, y en países y grupos de edad en donde se ha generalizado el uso del fármaco. Identificamos un espectro mutacional, con contextos nucleotídicos preferentes, a partir de virus de pacientes que se sabe que han sido tratados con molnupiravir y mostramos que su firma coincide con la observada en estas largas ramas, en algunos casos con transmisión ulterior de linajes derivados de molnupiravir. Por último, analizamos los registros de tratamiento para confirmar una asociación directa entre estas ramas altas de G a A y el uso de molnupiravir.